在留资格认定证明书是日本法务省颁发的允许外国人入境的许可证，有了这个证明书才能办理后面的签证和在留卡。
所以，在留资格申请在前，签证申请在后。
签证要在日本驻外使领馆申请。
在申请以工作为目的等在日本中长期居留签证时，与短期逗留相比审查时间较长。因此，申请赴日签证大多采取以下途径：先由日本的出入国在留管理厅对希望进入日本国境并在日本居留的外国人所从事的活动是否符合该当在留资格条件进行审查，认为符合条件时，即签发在留资格认定证明。申请人将在留资格认定证明交给日本驻外使领馆，一般情况下，5个工作日以内即可获批签证。如申请短期逗留签证，则无需在留资格认定证明。
流程是：
1、在留资格认定证明签发申请：
由申请人或其代理人代替申请人向日本地方出入国在留管理厅申请
在留资格认定证明签发：日本地方出入国在留管理厅签发，送达在日本的申请人或其代理人
部分例外情况，如若申请在留资格认定证明的外国人在接到该证明时，已经以短期逗留的资格居住在日本，则可以不在日本驻外使领馆申领签证，在日本国内将短期逗留资格变更为在留资格认定证明中认可的在留资格。
2、向日本驻外使领馆提交在留资格认定证明，申请签证
由日本驻外使领馆签发签证。