日本在留资格认定书就是签证吗

不是。

日本在留资格，在日本申请，是由申请人或其代理人代替申请人向日本地方出入国在留管理厅申请。

日本签证，在中国申请，是申请人向日本驻中国使领馆提交在留资格认定证明，申请签证。

流程是：

先在日本申请“日本在留资格”，再持有“在留资格”在中国申请“日本签证”。