如果你持有日本的经营管理签证，但并不经常居住在日本，这种情况下更新签证是有可能的，但可能会有一点麻烦。
虽然日本的入管法没有明确规定持有经营管理签证的人必须在日本居住多长时间，但如果你在更新签证时不经常在日本居住，可能需要向入管局解释你的具体情况。
近年来，入管局对于那些因为全球业务需求而无法长期居住在日本的经营管理签证持有者，已经开始采取更灵活的态度。如果你的公司在全球有多个地点运营，比如在香港、泰国、英国、美国等地都有业务，这种情况下，入管局理解你可能需要频繁出差，难以长时间停留在日本。
在更新签证时，如果你能够提供合理的解释，说明为什么你不能常驻日本，以及你如何管理在日本的公司等，这些信息有可能帮助你成功更新签证。但是，每个案例都有其特殊性，入管局的决定可能会根据你的具体情况而有所不同。因此，在更新签证时最好咨询专业的行政书士或律师，他们可以提供针对你个人情况的建议。